din cate stiu eu, zona de tag-uri se repeta pe fiecare pagina, pe langa celelalt continut, iar acest lucru este valabil si pentru zona de navigare a site-ului sau alte zone. Nu cred ca este considerat continut duplicat. Cred ca mai degraba tagurile pot fi vazute ca un mod in plus de filtrare si grupare a continutului. Nu cred ca ajuta foarte mult, dar nici nu cred ca pot crea probleme.

Matt Cutts despre tag-uri, dar fara nici o referire la faptul ca ar fi considerate continut duplicat: YouTube - Is it worth spending time on creating tags and categories?

P.S. In HTML5 exista <aside> care poate fi folosit pentru a marca astfel de zone