Ai instalat un accelerator de PHP? Cat ram are alocata masina? Esti sigur ca e de la solicitarea db-ului si nu de la numarul maxim de conexiuni simultane (nr de sockets alocat VPSului)?
Cat ram ai alocat la mysql si cat pentru apache? Mysql e Innodb sau MyISAM? Raspunde-ti mai intai la intrebarile astea, si apoi te apuci de modificat cod.