Am avut si eu problema asta.
Exista un troian pe calculatorul sau calculatoarele care se conecteaza la ftp. Troianul, probabil ca asculta portul ftp si citeste informatiile de conectare dupa care se conecteaza la ftp, cauta index.php, index.html etc si injecteaza codul html iframe.

Ce trebuie sa faci:
- Scaneaza toate calculatoarele care se conecteaza la ftp, probabil ca o sa gasesti un troian numit RootKit, sau ceva asemanator. Avast il gaseste foarte usor si il si sterge.
- Modifica parola de conectare la ftp, alege una putin mai complicata si care nu ai folosit-o niciodata de la inceperea atacurilor.
- Troianul cauta in index.php linia de end ?>, scapa de ea. Exista aceasta posibilitate daca dupa inchidere nu mai exista cod html. Php nu se supara, si este foarte bine si pentru erorile de genul "header already send" care sunt foarte greu de gasit.
- Pentru index.html nu am gasit o solutie, dar la mine nu a fost cazul.