Poate ai blocate paginile din Robots.txt, meta robots. Poate nu ai pus canonical bine, poate ai niste redirectari suspecte pe acolo. Vezi cu ScreamingFROG paginile. Iti arata toate metaurile (title, description, robots, status http, canonical). Adauga sitemap in WMT si sitemap html in site.

Vezi la Index Status in WMT cum stai. Poate ai multe not selected.