Depinde ce vrei sa integrezi prin acel iframe.
Daca este un continut pe care nu vrei sa il asociezi cu site-ul tau, este ok un iframe. In schimb daca este un continut pe domeniul site-ului tau, nu ar fi rau un widget js cu url-uri nofollow.
De asemenea trebuie avute in vedere si aspectele de performanta. Daca incarci continut extern prin iframe, nu risti sa iti incetineasca site-ul daca serverul tert este lent. Daca in schimb faci asta prin js, site-ul tau va fi incetinit deoarece va astepta pana se incarca acel js.

Legat de SEO, un iframe este bun daca vrei sa iti pastrezi densitatea cuvintelor cheie pe acea pagina, dar te-as sfatui sa pui iframe doar daca este absolut necesar. Site-urile cu iframes nu sunt vazute foarte bine de Google deoarece majoritatea site-urilor care folosesc ifrmae, incearca sa "il pacaleasca".