Lucian, daca tu pui in html ca si continut alternativ, exact elementele care sa ofere userului acceasi functionalitate ca cea oferita de flash, atunci nu ai de ce sa-ti faci griji.

Gandeste-te ca nu faci altceva decat sa arati si userului si motorului de cautare aceleasi linkuri (motorul de cautare e ca orice alt user care face browsing fara flash, imagini si javascript - tu nu faci altceva decat sa il ajuti sa "citeasca" si continutul flashului).