In cazul in care ai multe linkuri catre paginile interne, te va afecta in mod sigur.
Solutia ar fi redirectul manual sau automat.
Automata: poti sa adaugi o regula in htaccess, daca exista oarecum o legatura intre linkurile vechi si cele noi.
De exemplu daca inainte aveai :site.ro/categorie/nume-articol si acum te duci in site.ro/nume-articol. Dar regula sa fie general valabila pentru fiecare pagina in parte.
Manuala: faci redirect la fiecare pagina in parte in htaccess. Adica redirectionezi fiecare pagina veche catre fiecare pagina noua.

Din pacate este sigura solutie care exista si este metoda corecta de a porta un site.
Intr-un videoclip pe youtube, Matt Cutts recomanda inclusiv daca ai un link de la o pagina autoritara catre tine, sa-i rogi sa schimbe linkul catre cel nou.
Nu-mi dau seama de diferente aici, poate isi da cineva mai cu experienta cu parerea: de ce ar fi diferenta dintre un link catre trece print-un redirect si unul normal.