Vezi in:
/etc/my.cnf

Pune acolo:

log_slow_queries = /var/log/mysql/log-slow-queries.log
long_query_time = 1

Astfel iti va arata ce comenzi folosesc intens serverul MySQL, pentru a stii ce sa optimizezi.
Nu e de ajuns sa pui niste setari bune. Trebuie sa optimizezi si scriptul, sa vezi ce produce acel load mare.