Si eu am patit ceva de genul asta. Aveam cam 2000 de link-uri in sitemap si in Google webmaster tools imi afisa doar 750. M-am documentat putin pe niste forumuri si am inteles ca daca Google mi-a indexat site-ul cu probleme de HTML(pagini cu acelasi titlu, lipsa titlu, descriere etc..) atunci aceasta ar fi cauza pentru care nu-mi recunoaste celelalte link-uri din sitemap. Am rezolvat problemele ce tin de HTML si apoi in doar o saptamana Google a luat si celelalte URL-uri.