O posibilitate probabila pentru ca am trecut si eu prin asa ceva:
Respectivul a clonat paginile si ai un mic malware in header-ul de la articole, un cod php care face redirect.

Mie mi-au clonat tot site-ul si nu puteam sa-mi dau seama, de ce am fost inlocuit in cautari de site-ul clonat, cand htaccess-ul era curat.

Cauta in header ceva care arata similar cu codul de mai jos:

Cod:
<?php
$redirectlink = ‘http://www.paginaCealalta.com‘;

header (‘HTTP/1.1 301 Moved Permanently’);
header(‘Location: ‘.$redirectlink);
exit;
?>
Mai poti sa incerci sa dai din webmaster tools "fetch as google" la o pagina pe care o suspectezi ca e copiata si vezi ce raspuns iti da.

Bafta.