Faci redirectul de pe pagina x de pe site-ul X pe pagina corespondenta y de pe site-ul Y; nu structurile conteaza, ci logica prin care faci legatura x cu y. Si asta nu se face din WMT.
Daca nu exista nici o logica, si aici ma indoiesc, faci redirect pe paginile cu autoritate/ link-uri externe si pe celelalte le lasi 404/410.