Da o geana pe http://www.opensourcecms.com/ si vezi.
Totul depinde de marimea portalului si modulele aditionale de care ai nevoie. Joomla este SEO-friendly cu multe module aditionale, dar personal consider ca are o arhitectura proasta.
MODx este SEO-superfriendly singura regula din .htacces e
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
Practic rewriteul nu se face din engineul apacheului ci iti redirecteaza urlul catre un script php, deci pe langa optiunile de rewrite ce ti le ofera implicit MODx, poti dezvolta tu altele.