Eu am patit la fel pe un site facut in joomla, aveam in index.php coduri suspecte si toate titlurile paginilor erau cu viagra, cialis si alte prostii. Cum am procedat eu :

- am identificat codul problema (la mine era base64 hack)
- am copiat toate fisierele site-ul pe pc
- folosind windows grep am scanat toate fisierele site-ului dupa codul suspect
- am luat fiecare folder in parte si l-am comparat cu o copie curata de joomla si am descoperit multe fisiere infestate pe care le-am sters
- evident schimba toate parolele de la site, cpanel, webmail etc
- fa update la toate pluginurile

Succes la curatat!