De obicei cms-urile merg si fara mod_rewrite care apropo nu e o functie, si nici joomla nu cred ca face exceptie.Deci ar trebuii sa poti sa instalezi fara probleme.
Si nu am inteles ce fisier vrei tu (.htpasswd?) poate .htaccess.
Eu nu am mai folosit de mult joomla si cand l-am folosit a fost doar ocazional asa ca nu stiu foarte multe despre el, poate iti raspunde un user mai priceput despre ce e vorba.