Interogarile lente cred ca tin, de cele mai multe ori, de incarcarea procesorului (in situatia in care RAM-ul zici ca nu e prea folosit).
Prioritatea nr. 1 ar fi identificarea acestora si, implicit a scriptului/scripturilor care le genereaza. Uneori e mai greu, cand procesorul merge greu poti observa ca aproape toate sunt "slow query".
Deci daca maresti performantele ssd-ul cand e problema de procesor nu ar fi nicio surpriza sa constati ca nu s-a imbunatatit nimic.

PS: nu sunt specialist in administrare servere.