Optimizarea o faci in functie de felul in care lucreaza serverul (cate queries se fac/min, nr vizitatori) si RAM /swap. Poti sa pui max_connections la 500, key_buffer_size 32M, read_rn_buffer_size 3 sau 4M, table_open_cache 3000/4000, key_buffer_size 16M. Oricum, optimizarea o faci step by step, modificand variabilele respective. Vezi cum se comporta si in functie de asta, faci ajustarile necesare.
Fa o copie inainte sa modifici ceva si in felul acesta vei vedea ce ai modifcat si rezultatele + posibilitatea de restore.
--
Intre timp poate mai vin si alte sugestii de la colegi.