Da, cam 90% sunt indexate.
Daca le ai dar nu ti le zice in WMT inseamna ca url-ul din WMT (deci din sitemap) nu e acelasi pe care l-a indexat google.
Spre exemplu, daca nu redirectionezi url-urile dinamice, google le va indexa pe acelea (don't ask why), dar tu in sitemap-ul general ai friendly url-uri, nu url-uri dinamice.