Dupa parerea mea, pentru a scoate header-ul, atat din index, cat si din single.php, page.php si archive.php trebuie eliminata functia get_header();
Dar si aici exista o problema deoarece tu vrei sa iti pastrezi meniul, care probabil este introdus in header.php
Aici trebuie facute cateva modificari in header.php iar asta difera de la tema la tema.