Si eu sunt curios de problema si unde este ascuns acel script.
Daca tot vrei sa rezlvi singur descarca toate fisierele la tine in pc si trebuie sa cauti in fiecare parte cum a zis si colegul "haos" dupa "eval( si "base64_decode(" si mai cauta si la inceputul fiecarui fisier imediat dupa tagul php "<?php" . De obicei pe aceeasi linie cu acest tag se plaseaza coduri de genul asta.

Mai cauta si in fisierul .htaccess

PS: atentie ca se pun foarte multe spatii inaintea codului astfel incat sa nu fie vizibil decat daca esit atent la scroll bar. (valabil si pentru .htaccess si pentru php)