fiecare legatura de forma site/index.php?file=ceva din fiecare pagina/sectiune a site-ului trebuie modificata sa arate de forma site/ceva sau site/ceva/numarid...

de aia si folosesti mod rewrite.. nu? sa nu mai apara legaturi complicate in sursa index.php?file=ceva&numar_id=numar si ca sa nu te indexeze google cu o asa adresa pentru fiecare pagina.

iti dau un exemplu.. poate ma intelegi mai bine.
cum am facut la zoo-timisoara.ro
in .htaccess am:
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule ^([a-z]+)\/([0-9]+)\/$ index.php?pagina=$1&nota=$2 [L]
RewriteRule ^([a-z]+)\/$ index.php?pagina=$1 [L]
tot site-ul se bazeaza pe index.php.
legaturile mele din interiorul site-ului sunt de forma zoo-timisoara.ro/istoric/ zoo-timisoara.ro/habitate/ ... zoo-timisoara.ro/presa/1/

serverul apache prin regulile definite in mod rewrite stie ca daca se acceseaza un link de forma zoo-timisoara/istoric/ sa incarce index.php?pagina=istoric dar nu modifica adresa (nu face redirect) ci apare frumos zoo-timisoara/istoric/.