Ideea e sa redirectezi de la inceput, pana nu indexeaza Daca faci pe parcurs, dupa ce site-ul are vechime, intr-adevar, e un dezavantaj ca dureaza 1-2-3 crawlari pana se indexeaza cu url-urile noi.

P.S. Am uitat sa zic. Cred ca e bine sa redirectezi si index.php (sau htm, html, etc) catre root, sa nu fie luat ca duplicate content. Asta se face punand conditia asta sub rewrite engine on:

RewriteRule index\.php$ http://www.site.com/%1 [R=301,nc]

Inlocuiti index\.php cu index\,htm sau ce forma are index-ul site-ului.