Pe langa canonical in header la subdomeniu catre varianta desktop, nu uita sa pui si rel=alternate pe varianta desktop catre subdomeniu.

Legat de WordPress, solutia lui @casperel este buna. Practic folosesti 2 installuri de WP si o singura baza de date. Pentru comutare automata, poti folosi un plugin de genul https://wordpress.org/plugins/wp-mobile-edition/