Acuma intrebarea mea este de unde si de ce apar in aceasta forma aceste URL-uri ?
Very very simple. Pentru ca ai link-uri si catre versiunile non-www de pagini. Si daca serverul tau afiseaza site-ul si ca http://www.site.ro si http://site.ro (cum fac 90% din firmele de hosting) atunci ti se vor indexa pagini si asa si asa.

Pune scriptul dat de mine, si de acum incolo cand construiesti link-uri catre site-ul tau, fa-o fie catre versiune www, fie catre non-www (si atunci nu mai pui scriptul de htaccess).