Dacă spui că doar categoriile nu sunt indexate înseamnă că problema vine la la un plugin unde este bifată opțiunea de nofollow a categoriilor...bănuiesc.

Uită-te în sitemap și asigură-te că acesta conține paginile de categorie. Vezi dacă sitemap-ul e OK în Google Webmaster Tools.
Verifică robots.txt și asigură-te că nu ai exclus acolo paginile de categorie.
Uită-te peste toate opțiunile ale tuturor plugin-urilor. Poate ai trecut cu vederea, sau ai bifat vreo vreo opțiune care împiedică indexarea categoriilor. Fii minuțios, să nu-ți scape nimic. (Cu ocazia asta "aprofundezi" și capabilitățile fiecărui plugin).
Uită-te în codul sursă al paginilor de categorie și asigură-te că în head nu apara undeva nofollow sau noindex.

Urmând acest proces ar trebui să determini problema. Google nu tratează diferit paginile de categorie (deci nu te gândi la chestia asta). Sunt doar pagini ca toate celelalte.