Astfel de probleme o intalnesc multi webmasteri.
Unul dintre avantajele limbajului PHP, sunt paginile dinamice cu ajutorul carora poti face modificari ce nu ocupa prea mult timp.
Recomandat este sa imparti partile importante a site-ului in pagini separate , iar apoi cu functia include le poti imbina.
Uite un exemplu :

- partea de sus : header.php
- continutul : continut.php
- partea de jos : footer.php
- pagina in care le unim : index.php

Acum daca tu ai gresit un link in footer.php de exemplu , intr-un continut static trebuie sa modifici toate paginile , pe cand in continutul dinamic doar modifici pagina ce-i corespune link-lui.