Cum ziceam si mai sus, rezolvarea ta este query_posts care se aplica in felul urmator:

Cod PHP:
 <?php if (have_posts()) : ?>
    <?php  $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1; query_posts("posts_per_page=12&paged=$paged"); ?>

        <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>
Pe scurt, adaugi linia a doua la tine in tema pe pagina de index, intre liniile cu <?php if (have_posts()) : ?> si <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

Iar la posts_per_page=12 pui numarul de posturi care vrei sa apara. In codul care ti l-am dat eu e si un mic hack ca sa functioneze corect paginarea