daca linkurile au fost generate dupa o regula poti face o redirectare permanenta din htaccess spre homepage reproducand regula respectiva, pe langa faptul ca primesti trafic de pe linkurile deja indexate scapi si de erori not found.
Daca imi dai cateva mostre de url-uri not found iti pot construi eu un set de reguli care sa rezolve problema.
Eventual posteaza un screenshot dupa pagina din WMT unde apar linkurile cu problema not found.
Daca e vorba de subdomenii pe care tu nu le mai folosesti, poti reface(recrea) acele subdomenii din cpanel, iar in folder-ul creat pentru subdomeniu, de obicei public_html/nume_subdomeniu/, poti crea un fisier .htaccess de doua randuri prin care sa redirectezi traficul spre domeniul principal sau catre orice alt domeniu la alegere:
RewriteEngine On
RewriteRule (.*)$ http://www.example.com/ [L,R=302]
http://www.example.com trebuie modificat in url-ul tau principal



Răspunde cu citat