Nu se poate face acest lucru din cpanel ?
Incearca sa pui linia RewriteRule ^(.*)$ "http\:\/\/www\.domeniu_nou\.com/subfolder/$1" [R=301,L] in fiecare htaccess din subdomeniile tale. In loc de subfolder pui numele categoriei, cum o sa ai pe site-ul nou. Daca folosesti php, poti face redirectul din cod php destul de simplu.