Ordonarea dupa nume a folderelor care contin site-urile addon practic nu conteaza, poate doar din p.d.v. estetic. Crezusem ca intrebarea a fost pusa pentru a preveni indexarea domeniilor addon ca si foldere ale domeniului principal (ideea este explicata aici si probabil ca se poate rezolva cu niste setari de redirectare permanenta puse in .htaccess pe domeniul principal).

O alta solutie ar fi ca la setarea domeniilor addon sa nu alegi folderul site-ului ca "index_html/domeniuaddon.com" ci ca "domeniuaddon.com", caz in care se creeaza un folder care nu este subfolder al domeniului principal, ci este la acelasi nivel cu "index_html" - chestia asta insa nu este standard si ar putea implica diverse alte probleme.