Banuiesc ca te referi la utilizatorii de servere dedicate, ca la shared hosting nu prea ai ce sa faci si pe de alta parte ar trebui sa fie treaba providerului.
Daca e server linux, antivirus nu prea exista pentru asa ceva pentru ca aici vorbim de alt gen de securizari (rootkithunter, toate porturile inchise cu exceptia celor importante, setarea accesului la server numai de pe anumite ipuri, etc.)