Gata am rezolvat.
Problema a fost cu un backup. Din neatentie/prostie i-am dat tar xvpfz backup.tgz -C / in root!!! -a supra-scris fisiere si de acolo probleme mari.
Nu am mai avut acces nici ca root pe server, dar whm functiona. Problema e ca din WHM nu puteam face nimic.
sshd down, apache, mysql la fel...

Am intrat cu un LiveCD, am facut sa am acces.

Oricum va multumesc celor care mi-ati dat mesaje.